R パッケージのインストール（R コマンダーの例）

今年度（2009年度）から始まった「農環研 統計GISコース」のため， R-2.9.0 のインストールに続いて，パッケージをインストールした。 以下は，その記録である （2009年5月）。

R本体を R-2.10.1 にアップデートしたのに伴なって， パッケージもアップデートした。 なお，パッケージをアップデートする場合には， Rの中から "Update packages..." を実行するよりも， 古いパッケージのディレクトリを削除して （あるいは用心のため名前を変えて取っておいて） 新たにインストールした方が早い （2010年3月）。

以下の説明文の中で， 「ディレクトリ」という用語は「フォルダ」と同義である。

1. パッケージ用ディレクトリ

2. パッケージのインストール

  1. R のアイコンをクリックして，R をスタートする。 Vista の場合は， アイコンを右クリックし， 「管理者として実行(A)...」を選択する【重要】。

    [Run as Admin]

  2. 「パッケージ」メニューの「パッケージのインストール」を選択する （なお下の画面では， R の Sys.getenv コマンドで環境変数の値を確認している）。

    [Install-Package]

  3. CRAN のミラーサイトを選択する画面が出るので， 近くのサイトを選択し，「OK」をクリックする。

    [Install-Package]

  4. インストールすべきパッケージを選択する画面が出る。 Rcmdr を選択する。 ついでに，プラグイン類“RcmdrPlugin.*”を選択してもよい。 しかし，インストールすべきファイル数が膨大になるので， プラグイン類は，必要になったときにインストールすることにして， ここでは Rcmdr を先ずインストールする。

    [Select Rcmdr]

  5. しばらく待つと，無事 Rcmdr のインストールが終了する （「HTML パッケージ記述を更新」のメッセージが出る）。 パッケージを使うためには，R のコマンドラインで
    > library(Rcmdr)
    と入力するか，パッケージメニューの「パッケージの読み込み...」 を実行し，その次の画面で，Rcmdr を選択する。

    [Load Package]

    [Load Rcmdr]

  6. しかし，Rcmdrが利用する他のパッケージがまだインストールされていないので， 次のようなインストールを促すメッセージがでる。 「はい (Y)」をクリックして，必要なパッケージをインストールする。

    [Load Rcmdr]

  7. 必要なパッケージのインストール方法を指定する画面がでるので， CRAN をチェックし，OK をクリックする。

    [Load Rcmdr]

  8. かなりの数（数十個）のパッケージがダウンロードされて インストールされるため，数分の時間がかかる。 無事終了すると，R コマンダーのスタート画面が現れる。

    [Rcmdr Window]

3. Vista へのインストールについて

4. 『指定されたファイルが見つかりません。』というエラー

4.1 現象

4.2 適応策 - その1

  1. ディレクトリ \Rcmdr 以下を直接 c:\usr\R\myRlib\ の下に移動する。 そして，空になったディレクトリ \file******** を削除する。

    [Move Rcmdr]

  2. これで，環境変数 R_LIBS="C:\usr\R\myRlib" が設定してあれば， 上記の作業で R は R コマンダーを認識する。 メニューから「パッケージの読み込み...」を実行すると Rcmdr が見つかる。

    [Load Rcmdr]

  3. ただし，「2. パッケージのインストール」の 必要なパッケージのインストール の項で説明したように， 関連するパッケージ類がインストールされていないので， 次のようなメッセージが出る。 「2. パッケージのインストール」で説明した手順に従って， 関連するパッケージもインストールする。

    [Missing Packages]

  4. しかし残念ながら， これら関連するパッケージ類をインストールする最中にも， 『指定されたファイルが見つかりません。』 というエラーメッセージが出て，インストールが中断されるであろう （うまくインストールされるパッケージもある）。

    [Error Again]

  5. R から抜け出て，上に説明したように c:\...\R\myRlib\file********\... へ保存されたパッケージを直接 c:\...\R\myRlib\ へ移動する。

  6. 以下，2〜5の作業を本当に根気よく繰り返す。

  7. 以上で，目的とするディレクトリ c:\...\R\myRlib\... の下に必要なパッケージ類が保存される。 しかし，この段階で R の HTML 記述は更新されていないので， R のコマンドラインから
    > link.html.help()
    を実行する。このコマンドを実行すると 「3. Vista へのインストール」 の項で説明したように， HTML ヘルプファイル
    C:\...\R\R-2.9.0\doc\html\packages.html
    C:\...\R\R-2.9.0\doc\html\search\index.txt
    が無事に書き換えられる （R-2.10.0以降では，この手順は不要）。

4.3 適応策 - その2

  1. 上記の 関連パッケージのインストール中のエラー (4.2.4) の前に， R は必要な圧縮ファイル（*.zip ファイル） をテンポラリファイル（一時的ファイル）としてダウンロードしている。 この圧縮ファイルのダウンロードは確実に成功する。

    [Downloaded Packages]

    テンポラリファイルが保存されるディレクトリは， 独自に環境変数 TMP または TEMP を設定している場合は， そのディレクトリ。 これらの環境変数を設定していない場合は， HOME ディレクトリ（マイドキュメント， C:\Documents and Settings\[username]\My Documents\）。

  2. このテンポラリファイルは， R のセッションを終了すると消えてしまう。 そこで R を終了する前に， この圧縮ファイル群を他の場所へコピーする。 現在，c:\tmp\RtmppTrW8u\dounloaded-packages\... なので，c:\tmp\dounloaded-packages\... でもよいであろう （実は，この圧縮ファイル群に Rcmdr の圧縮ファイルを加えれば， Rcmdr をインストールするために必要なファイル集合となる）。

  3. これで，必要な圧縮ファイル集合ができた。 本来なら，R のパッケージメニューの 「ローカルにあるzipファイルからのパッケージのインストール...」 により一気にインストールしてもよい。 しかし，例によって 『指定されたファイルが見つかりません。』 のエラーメッセージが出るに違いない。

  4. そこで，R を使うのではなく，適当な解凍ツールによって， 上記の圧縮ファイル群を一気に目的とするディレクトリ c:\...\R\myRlib\... へ解凍する。

  5. 最後に，コマンド
    > link.html.help()
    を実行して（あるいは，パッケージの更新を行なって）， HTML パッケージ記述を更新する （R-2.10.0以降では，この手順は不要）。

4.4 適応策 - その3

    この方法が一番簡単。

  1. 他の新しいPCで成功したパッケージのディレクトリを， そのまま，XP の対応するディレクトリにコピーする。

  2. コマンド
    > link.html.help()
    を実行して（あるいは，パッケージの更新を行なって）， HTML パッケージ記述を更新する （R-2.10.0以降では，この手順は不要）。

    成功を祈る。

5. R-2.10.0 以降での注意

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